相对于常规MRI，功能磁共振成像在神经系统疾病的定性诊断、预后判断、术前评估等方面有着明显的优势，在临床应用中发挥着越来越大的作用。

广义功能磁共振成像包括弥散加权成像（DWI）、灌注加权成像（PWI）、磁共振波谱成像（MRS）、弥散张量成像(DTI) 、磁敏感加权成像 ( SWI) 、血氧饱和度水平检测（BOLD）等；狭义功能磁共振成像则特指血氧饱和度水平检测（BOLD）。

DWI技术是检测人体组织中水分子的扩散运动，可超早期发现脑梗死等病变。DTI技术是在三维空间内定量分析组织内水分子的弥散各向异性，可以清晰的显示神经系统疾病皮质脊髓束的损伤。MRS可以检测原子核进动频率的差异，可检测中枢神经系统病变的代谢改变。SWI是一项反映组织磁化属性的新的对比度增强技术，可清晰的显示血流缓慢的血管畸形及微量脑出血等病变。